A feltárás történetét tulajdonképpen attól a pillanattól kellene számítani, amikor az első ember a barlangba lépett. Hogy ez mikor volt, azt ma már nehéz megállapítani. Tény az, hogy már a kőkor embere szívesen felkereste a barlangot, sőt abba az eddigi kutatások eredményei szerint elég mélyen, kb. félkilométernyire behatolt.
Az első tudományosnak nevezhető kutatás idejét is elég nehéz megállapítani, de valószínű, hogy a londoni Royal Society Magyarországra küldött két tudósa a 18. század második felében az első tudományos kutatók között voltak. A barlang felméréséhez Raisz Keresztély, Gömör vm. akkori „földmérője” 1801-ben fogott hozzá és elkészítette a barlangnak akkor ismert - Vaskapu-ig terjedő - részének térképét. Raisz Keresztély hivatalbeli utódja Vass Imre (1794-1863) volt, akinek a barlang hatalmas kiterjedésű újabb szakaszainak felfedezését és a barlang első nagyobbszabású leírását köszönhetjük.
Vass Imre meggyőződése szerint a barlangnak az akkor ismert szakaszokon túl még hosszú folytatással kell bírnia. Ezt a folytatást részben a barlangban folyó patak eredete, részben az eltűnése irányában kell keresni. Először a patak eredetét akarta felkutatni, mert véleménye szerint ez vezethet a már akkor ismert „Büdöstói barlang”-ba vagy „Domicá”-ba. A barlangról írt 1831-ben magyar és német nyelven megjelent alapvető munkájában így ír próbálkozásairól: ...„á barlang boltozatja egész a’ víz színéig lebocsátkozik és a’ további menetelt gátolja…” A vízfolyás útját a „Paradicsom” mögötti labirintuson keresztül próbálta ezután megkerülni, de itt nem sikerült a vízfolyást újra megtalálni, ezért itt abbahagyta a kutatást „...míg valaki szerencsésb a’ Styx vize folyásához érend s tovább folytatja a felvételt…”
Minden figyelmét ezután a barlang keleti folytatásának kutatására szentelte. A barlang akkor ismert keleti végén, a „Vaskapu”-nál a barlang annyira összeszűkült, hogy a földalatti patak a járatot teljes szélességben kitöltötte. Ezen a veszélyes szakaszon sikerült Vass Imré-nek 1825 „Szent Iván havának első napján” keresztülhatolnia és a barlang hatalmas főjáratának egészen a „Pokol”-ig terjedő szakaszát felfedeznie. Kockázatos vállalkozásáról a következőket írja ma már igen ritka könyvében: „...tsak képzelni is borzasztó, milyen állapotba tehette volna a’ bentlevőt, ha a’ víz hirtelen megáradt volna és e’ mély gödröt megtöltötte volna; bizonyosan kétségbeesés, jaj és kínos halál volt volna sorsa annak...” Az újonnan felfedezett szakaszban is elég veszélyes volt akkor még a járás, hiszen hidak, lépcsők és korlátok nélkül kellett a csúszós sziklákon víz felett kapaszkodni. „...Egy kőnek tsak billenése, egy kis csuszamodás a’ magas kövek lapján és örökre koldus avagy a kövek közé zúzatva halva is maradhatna az ember. Reszket ott a’ legbátrabb is, mert sok helyt feltekintve induló félben levő hegyet lát maga felett!”
„Minerva temploma”.
Meghatóan írja le kedélyhullámzását a barlang különböző részleteinek láttára: „Mert most ottan egy tárgy gyönyörre és tűzre ragadja az embert, s tsak egy tekintet félre, már egy más tünet megrettenti a’ lelket s süllyeszti a” jó kedvet. Haszontalan minden rajz avagy festés, érzéketlen ecsetnek mázolása lenne az, hiszen mozdulat, minden fordulat már más képet mutat, melyet a toll s elme követni nem képes”.
A kitűnő könyvhöz mellékeli Vass a barlang alaprajzát és hosszmetszetét tartalmazó, valamint egy felszíni térképet. A könyvben foglalkozik a barlang geológiájával és összehasonlítja a barlangot a világ más híres barlangjaival. Ezzel kapcsolatban az Adelsbergi (Postumiai) barlang kiterjedéséről írja, hogy „...nem engedjük az elsőséget mind addig, míg a’ hiteles mérés annak nagyobb kiterjedésére meg nem mutattatik!”
A korszakalkotó felfedezés után a világ minden részéről jöttek a barlang látogatói. Ekkor tűnt ki igazán az a nagy hátrány, hogy a barlangnak nincsen hivatott kezelője. Az aggteleki közbirtokosság tulajdonában volt barlangból mindenki vitt magának emléket, sőt egykorú feljegyzések szerint a cseppkövek porát beteg marhákkal etették. 1881-ben Siegmeth Károly MÁV-igazgató javaslatára a Magyarországi Kárpát Egyesület Keleti Osztálya bérbevette a barlangot, lépcsőket, utakat épített és így nagyjából járhatóvá tette a barlangot. A vezetést hivatásos vezetők végezték és megszüntették a cseppkőtörést. Miután azonban az egész barlang megtekintése rendkívül fárasztó volt, hiszen az aggteleki bejárattól a Pokol-ig terjedő utat oda-vissza kellett megtenni, felmerült a barlang másik végén törendő új bejáratnak a gondolata. Ezért a barlangot 1886-ban Münnich Kálmán bányatanácsos pontosan felmérte és megállapította az áttörésre legalkalmasabb helyet. Az bejárat helyéül az Aggtelek-Jósvafő közötti országút alatti, a Vöröstó melletti töbröt szemelték ki, ahonnan a barlang egyik oldalágába nyíló 100 m hosszú tárót 1890 márc. 15-én sikeresen áttörték.
A jósvafői barlangszakasz villanyvilágítással ellátott része.
1922-ben Kaffka Péter-nek sikerült a barlangnak a „Pokol” mögötti, Jósvafő felé vezető folytatását megtalálnia. Ennek nagy jelentősége abban rejlett, hogy ez az új barlangszakasz erősen megközelítette a Jósvafő község felett emelkedő Somostető (441 m) lejtőjét. Felmerült egy újabb áttörés gondolata, amelynek segítségével most már a teljes barlangot úgy meg lehet tekinteni, hogy seholsem kell visszafordulni. Ezenkívül ennek az új, vízszintes tárónak a használata sokkal kényelmesebb lenne, mint a rendkívül meredek Vöröstó-i táróé. A barlangnak ez a része már Abauj-Torna vármegye területe alatt vonult, ezért Kaffka Péter kezdeményezésére ez a vármegye karolta fel az új áttörés gondolatát. Az áttörést 1928-ban a vármegye támogatásával végrehajtották és ezzel bekapcsolták a bájos fekvésű Jósvafő községet is a barlang idegenforgalmába.
1926-ban a csehek az Aggtelek melletti de megszállt Kecső község területén nyíló „Domica” barlang kutatásával kezdtek foglalkozni és ebben rendkívül szép és nagykiterjedésű újabb járatokat fedeztek fel, amiben legnagyobb érdeme egy Majkó János nevű tót Pénzügyőrnek volt. Ezzel kapcsolatban meg kell említenem, hogy a „csehszlovákok” híresztelésével szemben a barlangot már a megszállás előtti magyar időkben is ismerték, hiszen má Sigmeth Károly emlékezik meg róla a Magyarországi Kárpát Egyesület 1891-ben megjelent évkönyvében, melyben a következőket írja: „...a Domicza-barlang csarnokai és menetei különösen magasságuk és gótikus styljük által tűnnek ki…”, tehát nemcsak a nyílást ismerték a magyar kutatók, hanem a barlang belső szakaszait is. A barlang egyik termét ma is „Gótikus dóm”-nak nevezik. Miután azonban annak idején a jóval nagyobb és sokkal könnyebben hozzáférhető Aggteleki-barlang kötötte le a kutatók figyelmét, részletesebb leírásunk nem maradt a Domiczá-ról, csak Bartholomaeides 1805-ben megjelent munkájában találunk erről a barlangról egy vázlatos alaprajzot.
A csehek hamarosan felismerték a barlang nagy idegenforgalmi jelentőségét és ezért elsősorban az eddigi bejárat helyett - melyen csak létrák segítségével lehetett közlekedni - az autóút mellett rövid vízszintes tárót robbantottak a barlangba, majd villanyvilágítással, utakkal látták el és rövidesen nagy forgalmat eredményeztek. Miután ebben a barlangban is patak folyt, még pedig keleti irányban, vagyis Aggtelek felé, valószínűnek látszott, hogy ez a barlang, melynek hossza megközelítette a 7 kilométert, összefügg az Aggteleki-barlanggal. A barlangot kezelő csehszlovák turista klub kutatói mindent elkövettek, hogy az összefüggést meg is találják, de egyik helyen, ahol az összefüggést sejtették annyira összeszűkült a barlang, hogy a patak azt nemcsak egész szélességében kitöltötte, hanem a barlang mennyezete is a víz színe alá hajolt (szifon) és így teljesen elzárta a további utat. A cseh és német kutatóknak 1930 augusztus 20-án sikerült eddig a helyig eljutniuk. Itt neveiket a sziklafalba karcolták, ezenkívül az egyik sziklafülkében a feljegyzéseiket tartalmazó bádogdobozt helyezték el.
Természetesen magyar részről is állandóan foglalkoztak a két barlang összefüggésének kutatásával. Az akkori szomszédainkkal való feszült politikai viszony miatt azonban szó sem lehetett a két ország kutatói közötti együttműködésről és a két barlang térképének esetleges összehasonlításáról. A Budapesti Egyetemi Turista Egyesület 1932-évi kutatóexpedíciója alkalmával sikerült végre rendkívüli nehézségek árán a teljesen vízzel telt szifon alatt keresztülhatolnunk és aug. hó 21-én az összefüggést a Domicza-barlang-gal megtalálni. Bizonyítékul magunkkal hoztuk a csehek által elhelyezett bádogdobozt a feljegyzésekkel.
Ezzel kitűnt, hogy a két óriási barlang tulajdonképpen egyetlenegy hatalmas barlangrendszer, melynek hossza meghaladja a 21 kilométert és így a világ legnagyobb cseppkőbarlangjainak élére került.
Ez a felfedezés felhívta az akkori kormány figyelmét a barlang rendkívüli idegenforgalmi jelentőségére. Gömöbös Gyula miniszterelnök részletes tervezetet dolgoztatott ki a kereskedelemügyi minisztériummal a meglehetősen elhanyagolt barlang idegenforgalmi értékesítéséről.
Időközben a barlang aggteleki szakaszát kezelő Magyarországi Kárpát Egyesület Gömöri Osztálya és a jósvafői kezelőség között helyi ellentétek is felmerültek. Ez, valamint a kezelőségek pénzhiánya teljesen megakasztották a barlang korszerű fejlődését. A kormány ezért úgy határozott, hogy csak az esetben támogatja a barlangot, ha ez egységes és szakszerű kezelésbe kerül. Ezt egy a Magyar Turista Szövetség keretén belül megalakítandó bizottságban látták biztosítottnak, amelyben az eddigi érdekeltségeken kívül a tudományos intézetek és az illetékes kormányhatóságok is résztvesznek.
A Magyarországi Kárpát Egyesület és Abaúj-Torna vármegye ezért az országos közérdekre való tekintettel 1935-ben önzetlenül lemondott eddigi jogairól és azóta az új bizottság kezelése mellett hatalmas ütemben haladnak a barlanggal kapcsolatos korszerűsítő munkálatok és a barlang forgalmának emelkedése. A látogatók száma rövid pár év alatt évi 2-3000-ről 1939-ben 30 ezerre emelkedett!
Amint a barlang egységes kezelése megvalósult, megindult a villanyvilágítás bevezetése, a barlangi utak végleges megépítése, elkészült a jósvafői bejárathoz vezető autóút, megépült az aggteleki turistaszálló, megkezdődött a jósvafői turistaszálló építkezése, létesült saját áramfejlesztőtelep és vízvezeték, rendezték a barlangbejáratok környékét és megvalósult még rengeteg olyan munka, amelynek célja az, hogy Hazánknak ez a nagy természeti kincse az egész világ legnagyobb látványosságává váljon. Hogy ez megvalósuljon, annak csak egy nagy akadálya volt: a földalatti országhatár, de ma már ez is a múlté!
1938 november hó 7-én 11 órakor honvédeink Aggteleknél átlépték a határt és félórával később magyar kézben volt az egész hatalmas barlangrendszer, a világ legnagyobb cseppkövesbarlangja! Most már semmisem állja útját, hogy teljes szépségében kibontakozzék felvidéki hegyeinknek ez a rejtett gyöngye…