A Békebarlang, akárcsak a Baradla, a Gömöri-karszt egyik karsztjelensége. Lényegében éppúgy, mint a Baradla, átmenő barlangnak tekintendő. A terület déli fedettkarszt jellegű részének felszíni időszaki vízfolyásai a karsztot elérve, a mélyben folytatják tovább útjukat az erózióbázison jelentkező forrásokig. Eközben a felszínről magukkal ragadott kemény kvarckavics-hordalékkal koptatják, tágítják és formálják a barlang alagútját. A kialakulásnak ebben a viszonylatában a két barlangrendszer között nincsen különbség. A barlangokhoz tartozó források vízhozama azonban a Jósva- és Komlósforrásnál egyaránt nagyobb annál a víztömegnél, amelyet a víznyelők gyűjtenek össze a fedettkarsztos vízgyűjtőterületről. Ez természetes is, hiszen a két barlangrendszer nemcsak az átmenő vizeknek vezető csatornája, hanem vízgyűjtő rendszere magára a karsztra hullott és ott elnyelődött csapadékvizeknek is. A Békebarlang viszonylatában ez a megállapítás ma is helyénvaló, a Baradlára nézve azonban nem. Legalább is nem jelenleg, ha a Baradla napjainkban ismert szakaszára vonatkoztatjuk. Ezt nem nehéz megállapítani, hiszen a Baradlában - a Békebarlangnak megfelelő - állandó jellegű patak nincsen. Itt vízfolyás csak akkor mutatkozik, ha a fedettkarszt felől áramló felszíni vizek folynak a barlangba. Tehát akkor, mikor csapadékosabb viszonyok között, a víznyelők működnek. A fedettkarszt felszínére hulló csapadékvíz mozgása a víznyelőkig felszíni, tehát lényegében két dimenziós, fékezetlen vízmozgás. Így ezeknek a vizeknek a barlangba jutása igen gyors folyamat. A barlangban ilyenkor időszakosan, rövid ideig tartóan, de nagy tömegű víz mozog.
Ezzel szemben a karsztra hulló csapadék vize, ott elnyelődve, a kőzet belsejében három dimenziós, térbeli mozgást végez, amily szűk repedéshálózaton át, a tapadás következtében erősen lelassulva, történik. Magától értetődő, hogy a gyűjtőhálózatba, a barlangba való befolyás folyamata ez esetben fékezett és sokkal egyenletesebb. A források száraz időben, amikor a víznyelők nem dolgoznak, csak ezt a vizet hozzák felszínre, aminek lényegében semmi köze a barlangformáló, átmenő víztömeghez, hanem a barlangot is magábazáró karsztos mészkőtömeg csurgó karsztvize. A Békebarlang állandó jellegű patakjának vízében, akkor, amikor víznyelős hozzáfolyás nincsen, tisztán és elkülönítve kapjuk meg a karsztos összlet vizeit. Ezt az adott körülmények között oldott mésszel telített, sőt túltelített, barlangot nem tágító, mésztufagát-építő, apró kis barlangi forrásokból és szivárgókból összeadódó karsztvízfolyást. A Baradlában ez a karsztvízpatak hiányzik. Pedig ott is meg kell lennie, hiszen a Jósvaforrás alapvízhozama is ugyanilyen karsztvíz. Meg is van, de ez a patak napjainkban egy alsóbb barlangszinten, a ma még feltáratlan alsóbarlangban folyik.
Határozottan felismerhettük, hogy a karsztos felszínről származó, a források alapvízhozamát adó karsztpatak vize a barlangban mészlerakó jellegű. A Békebarlangban ez a víz mésztufagátakat épít, s ezáltal tevékenysége a barlang kitöltésére, megszüntetésére irányul. Eredetére nézve ugyanarról a vízről van szó, ami ha a barlang boltozatán jelenik meg, cseppkövet rak le, vagy a kőzet repedéseit kalcittal tömíti. Ha csak ez a karsztvíz dolgozott volna az aggtelekvidéki karszton, sohasem fejlődtek volna ki cseppkőbarlangjaink.
A barlangok üregét mindkét esetben, főleg eróziós úton, kizárólagosan az a vízmennyiség vájta, ami előzetes felszíni folyás után, a víznyelő nyílásokon keresztül, időszakosan, a fedettkarsztról ömlött a karsztosodó kőzettömegbe. Ez a víz törmelékszállító, bevágódó hatású és így működésének jellegét tekintve, szöges ellentéte az állandó jellegű, barlangot mészanyaggal kitöltő másik vízfolyásnak. A Békebarlangnak nincs alsóbarlangja. Itt tehát ugyanabban a barlangalagútban folyik és dolgozik a maga módján mindkét vízfajta. Ellentétes irányú működésüknek, a pusztításnak és az építésnek állandó harcából fejlődött ki a Békebarlang mai arculata. A barlang felső, víznyelőkhöz közelebb eső szakaszán e harc mérlege inkább az üregbővülés javára billent, amíg a barlang alsóbb szakaszain, az egyre sűrűbben és nagyobb kifejlődésben jelentkező mésztufagátak arról tanúskodnak, hogy itt a barlangképző hatásnál erősebben érvényesül a másik víz működésének kitöltő tevékenysége. Hogy miért éppen így van, és nem megfordítva? Azért, mert a víz által lesodort kavicstömeg a felső szakaszon még teljes értékű pusztítást tud végezni. Eközben azonban maga a kavics is kopik, sőt az eredeti kavicsmennyiség jelentős része lerakódik már a felső szakaszban s így a barlang alsó szakaszához érő árvíz már nem tud teljesértékű pusztítást végezni.
Ugyanennek a jelenségnek a következménye az is, hogy a főág a legutolsó szakaszban szűkülő keresztmetszetet mutat.
Ha ez így van, egyszersmind azt is jelenti, hogy a Baradla alsóbarlangja, amelyet ma még nem ismerünk, ugyancsak a mésztufagátak barlangja. A jelenleg ismeretes Baradlaszinten ezek hiányoznak, mert itt csak a víznyelőkön beömlő, barlangtágító vízfolyások működnek időszakosan.